2000年，杭州市提出了运河（杭州段）“截污、清淤、驳坎、配水、绿化、保护、造景、管理”的八位一体的改造治理方针，决定对运河（杭州段）进行综合整治。2002年，运河（杭州段）综合整治与保护开发列为“十大工程”之一。并且在2003年专门成立了杭州市京杭运河（杭州段）综合整治与保护开发指挥部。2004年，市政府批复运河杭州段综合整治与保护开发范围为南起江干区三堡船闸，北到余杭区塘栖镇镇北，总长约39公里。运河综合保护一期工程，实施范围为石祥路至秋涛路，全长约10公里，2006年完成一馆两带两场三园六埠十五桥。

        2006年10月1日，经过三年的整治，京杭大运河杭州段整治和保护一期工程正式竣工，随着一期工程的竣工，杭州市区内１１公里古运河在国庆期间开始向世人展露出它美丽的容颜。当天，杭州沿运河两岸社区代表、建设者代表、志愿者和学生共数万名群众一起会聚新运河两岸，共庆千年运河的“新生”。

        2007年起实施运河综保二期工程，突出水质改善、古建保护、企业搬迁、景观整合、“城中村”改造“五个重点”，2007年国庆节前夕建成开放了“一廊二带三居四园五河六址七路八桥”为主体的运河系列新景观，第二次推出“新运河”。

        2008年全力打造世界级旅游产品，开通以运河为中心的三条黄金旅游线，保护、修缮桥西历史街区，运河夜景照明工程赋予运河“江南水墨画”的美好意境，“东方威尼斯”越来越迷人，当年第三次推出“新运河”，很多祖祖辈辈生活在运河边的居民坐上了漕舫进入西溪、钱塘江和上塘河，一睹运河沿线的变化。

        2009年，运河综保的重点开始向打造有人文内涵的旅游产品转变。“一寺一厂三区三馆五街九路 ”系列景观将与运河边的百姓见面。